驻保税区办事处是拱北海关隶属正处级机构。主要负责对进出日博备用网址的运输工具、货物和物品实施监管，负责办理区内从事进出口活动各类企业的登记注册及加工贸易保税业务的合同备案、中期核查、后期核销业务；办理进出区货物的转关、征税等有关监管手续；负责对进出珠澳跨境工业园区的人员、运输工具、货物和物品实施监管，负责办理跨境园区企业的各类海关业务；负责受理相关业务问题咨询等。

保税通关一科：负责受理进出日博备用网址货物的报关、征税业务；负责海关业务统计工作；负责报关单电子数据的更改工作；负责海关通关业务咨询；负责对日博备用网址内加工贸易、保税仓储企业的合同备案、结转、核销等工作；负责日博备用网址内企业减免税审批、减免税物资后续管理等工作。。

监管一科：主要负责对进出日博备用网址的货物、运输工具及物品实施监管；对日博备用网址内和各业务现场实施巡查、卡口管理及闭路电视监控等工作。

保税通关二科：负责珠澳跨境工业区珠海园区保税加工企业、物流企业合同备案、结转、核销及园区企业减免税审批、减免税物资后续管理；负责珠澳跨境工业区珠海园区现场报关，对进出口货物依法征收关税和其他税费及走私违规案件的税款计核工作；负责珠澳跨境工业区澳门车辆的备案审批。

监管二科：负责对珠澳跨境工业区珠海园区进出境（区）的货物、运输工具实施监管；负责对珠澳跨境工业区珠海园区进出境（区）的车辆通道进行管理；负责对经珠澳跨境工业区专用口岸进出境的个人携带物品实施监管；负责对珠澳跨境工业区珠海园区和各业务现场实施巡查及闭路电视监控等工作。